Skoda Enyaq iV был первым полностью электрическим автомобилем чешского бренда и третьим автомобилем с альтернативным топливом, который был признан самым безопасным большим внедорожником в ежегодном рейтинге лучших в своем классе Euro NCAP; другими были электрическая Tesla Model X и Hyundai Nexo с водородным двигателем.

Учитывая, что большие внедорожники особенно популярны среди семей, Skoda четко учла это, и Enyaq iV набрал 89% в категории безопасности для детей. Enyaq iV также набрал максимальное количество баллов при тестировании на защиту критических частей тела детей-пассажиров.
Безопасность взрослых также была высокой — 94 %, в то время как безопасность уязвимых участников дорожного движения была самой низкой — 71 %, но это все еще относительно высокий показатель.
Стандартное бортовое оборудование безопасности Enyaq iV включает систему активного экстренного торможения (AEB), которая может обнаруживать как автомобили, так и пешеходов, помощь при превышении скорости и помощь в удержании полосы движения. Результативность этих систем составила 82 % по шкале Safety Assist.